Новый упрощенный генетический тест позволяет эффективно проверять наследственный рак

Новости

Один тест может выявить множество известных источников генетических вариаций, лежащих в основе синдрома дефицита восстановления несоответствия при наследственном раке толстой кишки, эндометрия и других формах рака, сообщают исследователи в The Journal of Molecular Diagnostics.

Исследователи разработали новый интегрированный протокол генетического / эпигенетического секвенирования ДНК, известный как MultiMMR, который может определить наличие и причину дефицита репарации несовпадений (MMR) в одном тесте на небольшом образце ДНК в толстой кишке. эндометрия и другие виды рака. Эта альтернатива сложным, многоэтапным рабочим процессам тестирования также может определять причины дефицита MMR, часто упускаемые из виду текущими клиническими тестами. Их результаты представлены в Журнале молекулярной диагностики , опубликованном Elsevier.

Гены MMR отслеживают и исправляют ошибки, которые могут возникать при нормальной репликации и рекомбинации клеток. При некоторых наследственных и приобретенных формах рака один или несколько генов MMR деактивированы. «Влияние MultiMMR велико. Опухоли с дефицитом MMR хорошо реагируют на новые виды иммунотерапии рака», — объясняет ведущий исследователь Тревор Дж. Пью, доктор философии, Департамент медицинской биофизики, Университет Торонто; Онкологический центр принцессы Маргарет, Университетская сеть здравоохранения; и Институт Онтарио по исследованию рака, Торонто, Онтарио, Канада. «Определение того, есть ли у человека унаследованная форма дефицита MMR, также может позволить клиницистам включать пациентов в активное наблюдение, участвовать в стратегиях снижения риска и проводить генетические тесты для родственников, что потенциально улучшает исходы для пациентов».

Стандартные клинические тесты на дефицит MMR могут быть непоследовательными, требовать нескольких тестов и различных видов опыта, что приводит к неоптимальному уходу за пациентами. Тесты секвенирования нового поколения приобрели популярность и используются в клинических лабораториях. Однако они не идентифицируют все генетические вариации дефицита MMR, и часто требуется дополнительное тестирование.

MultiMMR одновременно проверяет метилирование промотора, мутации, статус количества копий, потерю копии нейтральной гетерозиготности и микросателлитную нестабильность от небольшого количества ДНК. В этом исследовании исследователи секвенировали ДНК из 142 образцов (82 нормальных и 60 опухолевых образцов) от 82 пациентов с MMR-ассоциированным колоректальным раком, эндометрием и раком мозга. В качестве положительного контроля результаты 45 пациентов сравнивали с предыдущими клиническими испытаниями с использованием обычных тестов. Они также использовали MultiMMR для профилирования коммерчески доступного контроля ДНК, который включает 11 вариантов, которые сложно обнаружить с помощью секвенирования следующего поколения.

Чтобы обнаружить наличие дефицита MMR, анализы метилирования промотора MultiMMR и микросателлитной нестабильности показали, что клинические испытания соответствуют 95% и 97% соответственно. При обнаружении вариантов, ответственных за дефицит MMR, MultiMMR совпал с результатами клинических испытаний в 23 из 24 случаев. Тест выявил все 11 мутаций в синтетической смеси в нескольких прогонах секвенирования и выявил дефицит репарации несоответствий у 29 пациентов с неполным или неубедительным тестированием. Группа смогла определить причины MMR, которые часто упускаются из текущего клинического каскада.

«Мы показали, что наличие и причину MMR можно определить в одном тесте из одной аликвоты ДНК, что позволяет наилучшим образом использовать доступные ткани, оптимизировать рабочие процессы и улучшить интегрированную отчетность для Lynch и связанных с ним наследственных видов рака», — комментирует ведущий автор Лесли Олдфилд, магистр, факультет медицинской биофизики, Университет Торонто; и онкологический центр принцессы Маргарет, Университетская сеть здравоохранения, Торонто, Онтарио, Канада.

Исследователи отмечают, что существующие протоколы каскадного тестирования могут не удовлетворить возросший спрос на универсальное тестирование опухолей у пациентов с колоректальным раком и раком эндометрия. Многие тесты секвенирования нового поколения, например, не проводят скрининг на микросателлитную нестабильность и метилирование промотора наряду с соматическими мутациями.

«Право на иммунотерапию часто зависит от статуса MMR, поэтому важно своевременное и надежное тестирование», — добавляет г-жа Олдфилд. «MultiMMR оптимизирует процесс и определяет тип дефицита MMR с улучшенным временем обработки, может хорошо масштабироваться с растущими требованиями и может предоставить врачам важную информацию для информирования о лечении пациентов и решениях».

Газета «DAILY» — Новости Ростова-на-Дону