Раковые клетки, выращенные в лаборатории, сильно отличаются от человеческих

Исследователи разработали модель машинного обучения под названием CancerCellNet (CCN) для сравнения раковых клеток в организме с раковыми клетками из четырех других источников: 26 моделей мышей, созданных для развития рака; 415 мышей с трансплантированными раковыми клетками человека (ксенотрансплантатами); 131 шарик из трехмерной ткани, выращенный в лаборатории для имитации опухолей (опухолей); и 657 традиционных линий раковых клеток (раковые клетки, выращенные в чашках для культивирования).

Сравнивая последовательности РНК этих клеток — биологические инструкции, определяющие, как развиваются белки, — с базой данных генома рака, команда смогла выяснить, насколько они похожи на рак in vivo на генетическом уровне.

«Возможно, для ученых неудивительно, что линии раковых клеток генетически уступают другим моделям, но мы были удивлены, что по сравнению с ними генетически модифицированные мыши и опухоли показали такие хорошие результаты», — говорит молекулярный биолог и генетик Патрик Кахан из Университета Джона Хопкинса.

Раковые клетки, выращенные в лаборатории, сильно отличаются от человеческих

В среднем, генно-инженерные мыши и опухоли имели последовательности РНК, наиболее точно соответствующие настоящему раку человека, примерно в 80 процентах протестированных типов опухолей, включая рак груди, легких и яичников.

Линии раковых клеток не так хорошо себя чувствовали, с большим количеством расхождений с человеческими опухолями. В одном примере, упомянутом в исследовании, линия клеток, известная как РС3 для рака простаты, на самом деле больше напоминала рак мочевого пузыря. Кажется, что клеточные линии начинают меняться, когда они выходят за пределы своей естественной среды.

«РНК — довольно хороший суррогат типа клеток и их идентичности, которые являются ключом к определению того, похожи ли разработанные в лаборатории клетки на их человеческие аналоги», — говорит Кахан .

«Данные по экспрессии РНК очень стандартизированы и доступны исследователям и менее подвержены техническим изменениям, которые могут искажать результаты исследования».

Источник — Газета Daily.

Газета «DAILY» — Новости Ростова-на-Дону