Обнаружено более двенадцати тысяч новых микроорганизмов, ранее неизвестных ученым

Новости

Несмотря на успехи в технологиях секвенирования и вычислительных методов за последнее десятилетие, исследователи обнаружили геномы лишь небольшой части микробного разнообразия Земли.

Поскольку большинство микробов невозможно культивировать в лабораторных условиях, их геномы нельзя секвенировать с использованием традиционных подходов. Выявление и характеристика микробного разнообразия планеты является ключом к пониманию роли микроорганизмов в регулировании круговоротов питательных веществ, а также к пониманию потенциальных применений, которые они могут иметь в широком диапазоне областей исследований.

Публичное хранилище 52 515 черновых геномов микробов, созданных из образцов окружающей среды по всему миру, расширяющее известное разнообразие бактерий и архей на 44%, теперь доступно и описано 9 ноября 2020 года в Nature Biotechnology. Эта работа, известная как каталог GEM (Genomes from Earth’s Microbiomes), является результатом сотрудничества с участием более 200 ученых, исследователей из Объединенного института генома (JGI) Министерства энергетики США (JGI), Научно-исследовательского центра Министерства энергетики США, расположенного по адресу Национальная лаборатория Лоуренса Беркли (Berkeley Lab) и база знаний по системной биологии Министерства энергетики США (KBase).

Метагеномика — это изучение микробных сообществ в образцах окружающей среды без необходимости выделения отдельных организмов с использованием различных методов обработки, секвенирования и анализа. «Используя метод, называемый метагеномным биннингом, мы смогли реконструировать тысячи собранных метагеномом геномов (MAG) непосредственно из секвенированных образцов окружающей среды без необходимости культивирования микробов в лаборатории», — отметил Стивен Найфах, первый автор исследования и научный сотрудник в Группа науки о микробиомных данных Никоса Кирпидеса. «Что действительно отличает это исследование от предыдущих исследований, так это замечательное экологическое разнообразие проанализированных нами образцов».

Эмили Элоэ-Фадрош, глава программы JGI Metagenome и старший автор исследования, подробно остановился на комментариях Найфаха. «Это исследование было разработано, чтобы охватить самый широкий и самый разнообразный диапазон образцов и сред, включая природные и сельскохозяйственные почвы, людей и животных-хозяев, а также океан и другие водные среды — это довольно замечательно».

Газета «DAILY» — Новости Ростова-на-Дону